両者の違いとしてはまずサイズが挙げられます。デスクトップパソコンは据え置きで利用しますからサイズが大きいことが多いですが、ノートパソコンですと携帯性を良くしていますので持ち運びがし易いサイジングとなっています。ですから使い方によってどちらを選ぶかが決まってきますし、パソコンを選ぶ上でのひとつの分かれ目になるポイントと言えるでしょう。
スペックに関しても違いがあり、性能で言えば一般的にデスクトップパソコンの方が優れています。両者は根本的にサイズに違いがあり、サイズの大きいデスクトップパソコンの場合は高性能のCPUやビデオカードなどを搭載することができますので、物理的に搭載が難しいノートパソコンと比較すると性能に差が出ます。
しかしながら用途によってはノートパソコンでも十分なことがあります。それほど重たい作業をしない場合ですと不便を感じることも少ないでしょうから、どのように使いたいかによって選ぶタイプが違ってくると言えます。
拡張性に関しても相違点があり、デスクトップパソコンの方がパーツを変更するなどしてカスタムを行い易いです。その為、自分なりに手を加えてみたいという時にはデスクトップパソコンの方が適していると言えるでしょう。また、自分でパーツを交換し易いということもあり故障をした時にも対応をし易いです。別のパーツへと交換をするのも比較的容易ですから故障時にも直すことができますし、結果的に寿命も延ばすことができるのです。